Staramy się przywrócić funkcjonalność systemu operacyjnego Windows, poprzez naprawę plików systemowych, naprawę usług systemowych, naprawę konfiguracji systemu, ale w pierwszej kolejności usunięcie wszelkiego rodzaju wirusów i posprzątanie po nich. Ten ostatni proces (odwirusowanie) trwa najdłużej, ale i też jest bardzo ważny. Niestaranne odwirusowanie może utrudnić przywrócenie prawidłowej funkcjonalności systemu Windows. Walka z wirusami odbywa się z użyciem wielu profesjonalnych skanerów antywirusowych. Zastosowanie jednego lub tylko dwóch daje bardzo mierne rezultaty. Zależy to oczywiście od stopnia zawirusowania, ale jeżeli obecność wirusów uszkodziła system, to znaczy, że trzeba z nimi na poważnie powalczyć.
Jak już uda nam się uruchomić system operacyjny Windows (windowsa) przechodzimy do jego optymalizacji, oraz, jeśli to konieczne, naprawy uszkodzonych komponentów Windows lub innych oprogramowań. Musimy pamiętać, że jeżeli ktoś się decyduje na przywracanie systemu (opcja w Windowsie), musi się liczyć z możliwością utraty wcześniej zainstalowanych programów np. Microsoft Office, programy do fakturowania i inne, zwłaszcza w Windows 10, 8.1. Naprawa systemu pozwala zachować całość.
